人々を守るヒーローの「スーパーマン」は、普段は大手メディアのデイリー・プラネット社で新聞記者「クラーク・ケント」として働き、その正体を隠しています。ピンチに颯爽と駆け付け、超人的な力で人々を救う「スーパーマン」の姿は、誰もが憧れを抱くものでした。しかし、時に国境をも越えて行われるヒーロー活動は、次第に問題視されるようになります。恋人であり「スーパーマン」の正体を知る「ロイス・レイン」からも、その活動の是非を問われた「スーパーマン」は、「人々を救う」という使命に対して心が揺らぎはじめます。
一方、「スーパーマン」を世界にとって脅威とみなす天才科学者で大富豪の「レックス・ルーサー」は、世界を巻き込む巨大な計画を密かに進行。やがて、「ルーサー」と彼の手下である超巨大生物「KAIJU」が「スーパーマン」の前に立ちはだかります。世界中から非難され、戦いの中で傷つきながらも、「スーパーマン」は再び立ち上がっていきます。