1914年(大正3年)1月に建築された木造駅舎で、ネオ・ルネッサンス様式と呼ばれる左右対称の外観デザインが特徴。 同年の2月1日に、旧門司港駅として開業。 1988年(昭和63年)に駅舎としては全国で初めて国の重要文化財に指定された。 開業後100年近くが経過し、シロアリ被害や老朽化による腐食でゆがみや亀裂が生じていることが分かったため、 国・福岡県・北九州市・JR九州が話し合いを行い、2012年9月から本格的な改修工事を開始した。 このため2012年9月28日限りで開業時からの駅舎での営業を休止し、翌29日から仮駅舎に移行している。 工事完了は2018年3月の予定。